Grupo de Modelado Molecular



Jefe de línea/Investigador Principal: Paulino Gómez Puertas,
Personal Científico: David Juan Gacia Aristegui, Silvia Lusa Bernal, Jesús Mendieta Gómez, Jan Jacob Wesselink,
Estudiantes: Gema María de Usera Guzmán, Iñigo Marcos Alcalde, Fernando Martín García, Jesus Ignacio Mendieta Moreno,



Resumen de investigación

PÁGINA WEB DEL GRUPO DE MODELADO MOLECULAR: <http://www.cbm.uam.es/bioweb>

Integración de información evolutiva y estructural para el estudio de la función de las proteínas. Simulación de procesos dinámicos de interacción proteína-proteína y proteína-ligando. Aproximaciones mediante interfaz híbrida Mecánica Molecular/Mecánica Cuántica (QM/MM). Desarrollo de nuevos sistemas de diseño de fármacos "in silico". Análisis de datos de Secuenciación Masiva (NGS).

Desarrollo de un nuevo sistema "in silico" de diseño de fármacos basado en las propiedades de la molécula receptora. Proyecto desarrollado en el marco de un contrato de I+D entre Biomol-Informatics (Parque Científico de Madrid) y la Fundación "Severo Ochoa".
 
Modelos bioinformáticos de la enzima Carnitina Palmitoiltransferasa I y su relación con obesidad y secrección de insulina: diseño in silico de fármacos anti-obesidad. Proyecto en cooperación con el "Grupo de Regulación Génica de la Oxidación de Ácidos Grasos" de la Universidad de Barcelona y el Departmento de Biofísica del Instituto de Física Química "Rocasolano" (IQFR-CSIC).
 
Simulación mediante dinámica molecular de los procesos de polimerización y despolimerización de la proteína de septo bacteriano FtsZ: diseño in silico de inhibidores específicos que puedan utilizarse como futuros antibacterianos. Proyecto en cooperación con el Laboratorio de "Control Genético del Ciclo celular". del Centro Nacional de Biotecnología y Biomol-Informatics en el marco de un "Collaborative Project" del 7PM-UE.
 
Bioinformática del Síndrome de Cornelia de Langue (CdLS). Análisis de secuencias genómicas mediante "Secuenciación Masiva". Simulación por Dinámica Molecular del las proteínas del anillo de Cohesinas. Proyecto en cooperación con el Dr. Juan Pie (Facultad de Medicina, Universidad de Zaragoza).
 
Estudio mediante Mecánica Cuántica/Mecánica Molecular del mecanismo enzimático de GTPasas y ATPasas. Implementación de la Teoría de Funcionales de Densidad (DFT). Proyecto in cooperación con el Dr. José Ortega (Departamento de Física Teórica de la Materia Condensada, Universidad Autónoma de Madrid).
 


Publicaciones

Publications since 2004. / Publicaciones desde 2004. (PubMed/Medline)
(A: article/artículo; R: review/revisión; C: book chapter/capítulo de libro; O: other/otros)

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Cordente, A.G., Lopez-Viñas, E., Vazquez, M.I., Swiegers, J.H., Pretorius, I.S., Gomez-Puertas, P., Hegardt, F.G., Asins, G. & Serra, D. (2004). Redesign of carnitine acetyltransferase specificity by protein engineering. Modification of methionine564 broadens the specificity to longer acyl-CoAs as substrates. Journal of Biological Chemistry 279, 33899-33908.  [PubMed]  [PDF]
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Gil, J., García, M.A., Gomez-Puertas, P., Guerra, S., Rullas, J., Nakano, H., Alcami, A. & Esteban, M. (2004). TRAF family proteins link PKR with NF-kB activation. Molecular and Cellular Biology 24, 4502-4512.  [PubMed]  [PDF]
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Morillas, M., Lopez-Viñas, E., Valencia, A., Serra, D., Gomez-Puertas, P., Hegardt, F.G. & Asins, G. (2004). Structural model of carnitine palmitoyltransferase I based on the carnitine acetyltransferase crystal. Biochemical Journal 379, 777-784.  [PubMed]  [PDF]
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Premios

"Juan Abelló" Biochemistry Award / Premio "Juan Abelló" de Bioquímica. 1994. Spanish Royal Academy of Doctors / Real Academia de Doctores.

Special Award in Science and Technology / Premio Especial de Ciencia y Tecnología "CIADE-2006" UAM-CajaMadrid.

Tesis doctorales

  • Eduardo López Viñas. "Integración de información evolutiva y estructural mediante herramientas bioinformáticas. Estudio funcional de la familia de enzimas de las carnitina/colina-aciltransferasas."Cum laude. Universidad Autónoma de Madrid. 2008.
  • Fernando Martín García. "Dinámica Molecular del mecanismo enzimático de GTPasas. Su aplicación al estudio de FtsZ y al diseño de antibióticos."/ "Molecular Dynamics of enzymatic mechanism of GTPases. Its application to the study of FtsZ and to the design of antimicrobials." (in progress / en proceso). Universidad Autónoma de Madrid.
  • Jesús Ignacio Mendieta Moreno. "Interfaz Mecánica Cuántica / Mecánica Molecular (QM/MM): implementación de la Teoría de Funcionales de Densidad (DFT) en el estudio de los mecanismos enzimáticos de GTPasas y ATPasas." / "Quantum Mechanics / Molecular Mechanics (QM/MM) interface: implementation of Density Functional Theory (DFT) in the study of enzymatic mechanism of GTPases and ATPases." (in progress / en proceso). Universidad Autónoma de Madrid.
  • Íñigo Marcos Alcalde. "Dinámica Molecular del mecanismo enzimático de GTPasas implicadas en segregación cromosómica." / "Molecular Dynamics of the enzymatic mechanism of GTPases involved in chromosome segregation." (in progress / en proceso). Universidad Autónoma de Madrid.

  • Otras actividades

    Financed Research Projects / Proyectos de Investigación Financiados.

    2011-2014."DIGEN-1K: Experimental development of a Genetic Diagnostics Method using Next Generation Sequencing" (Partners: Biomol-Informatics SL, Madrid Science Park, Hospital La Paz Institute for Health Research -IdiPaz-). / "DIGEN-1K: Desarrollo Experimental de un Sistema de Diagnóstico Genético e Identificación de Patógenos mediante Secuenciación Genómica". (En colaboración con: Biomol-Informatics SL, Parque Cientifico de Madrid, Instituto de Investigación Hospital Universitario La Paz -IdiPaz-). Plan Nacional I+D+I Ref.: INNPACTO IPT-2011-0964-900000. (Principal Inv.: Paulino Gómez-Puertas).
     
    2008-2014. Contract for Research and Development on Bioinformatics between Biomol-Informatics SL and Fundación "Severo Ochoa". / Contrato de Investigación y Desarrollo en Bioinformática entre Biomol-Informatics SL y la Fundación "Severo Ochoa". (Coordinador: Paulino Gómez-Puertas).
     
    2011-2012."Use of specific peptides from proteins FtsA and FtsZ as antimicrobials" / "Uso de péptidos específicos de la proteínas FtsZ y FtsA como antimicrobianos". Plan Nacional I+D+I Ref.: EXPLORA SAF2011-13156-E. (Principal Inv.: Paulino Gómez-Puertas).
     
    2008-2012. Type-C Consolider: "Molecular bases of action of carnitine palmitoyltransferases as regulators of fat oxidation and their role on insulin resistance, type II diabetes and the hypothalamic appetite regulation". / Eje-C Consolider: "Bases moleculares de acción de las carnitina aciltransferasas como reguladoras de la oxidación de las grasas y su papel en la obesidad, la resistencia a la insulina y el apetito". Plan Nacional I+D+I 2007. Ref: SAF2007-61926. (Coordinador Consolider: Fausto G. Hegardt, Univ. Barcelona).
     
    2007-2011. "Structure and function of human CPTI. / Estructura y función de la CPT1 humana.". F.I.S. CIBER 2006: Fisiopatología de la Obesidad y Nutrición. Ref: CB06/03/0026. (Principal Inv: Fausto G. Hegardt, Univ. Barcelona).
     
    2007-2010. "COMBACT. New targets to combat pathogenic bacteria. / COMBACT. Nuevas dianas para combatir a las bacterias patógenas". Comunidad de Madrid, I+D Biociencias 2006. Ref: S-BIO-0260-2006. (Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
     
    2007-2009. "BIOSINCEL. Synthetic biology of cellular division: reconstruction of the bacterial division proto-ring. / BIOSINCEL. Biología sintética de la división celular: reconstrucción del proto-anillo de división bacteriano". CSIC: Proyectos Intramurales de Frontera 2006. Ref: 200620F0022. (Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
     
    2004-2007. "Bioinformatics: Protein-protein and protein-ligand interactions. Modelling human CPTI function. / Bioinformática: Interacciones proteína-proteína y proteína-ligando. Modelado de la función de la CPTI humana". Plan Nacional I+D+I 2003. Ref: SAF2004-06843. (Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
     
    2004. "Molecular basis of the anti-obesity properties of C75 compound. / Bases Moleculares de las Propiedades Anti-Obesidad del Fármaco C75". Fundación Puleva. Research Prize 2004. (Principal Inv: Fausto G. Hegardt, Univ. Barcelona).
     
    2003-2004. "GenomeSpace: sequence to structure. / GenomeSpace: de la secuencia a la estructura". Intramural CAB-CSIC. (Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
     
    2002-2005. "Bio-PARTNeR: Protein interaction network / Bio-PARTNeR: Red de interacción entre proteínas". Fundación Ramón Areces. (Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
     


    Spin-off companies / Empresas "spin-off"
    • 2007. Paulino Gómes-Puertas, founder of Biomol-Informatics SL, a spin-off company of Parque Científico de Madrid. / Fundador de Biomol-Informatics SL, una empresa "spin-off" del Parque Científico de Madrid.
    • 2009. Biomol-Informatics participates in the "Divinocell" consortium, a Collaborative Project financed by the 7FP-EU (ref. FP7-HEALTH-F3-223431) / Biomol-Informatics participa en el consorcio "Divinocell", un Collaborative Project financiado por el 7PM-UE (ref. FP7-HEALTH-F3-223431). SEE AN INTERVIEW [HERE] / VEA UNA ENTREVISTA [AQUÍ].
    • 2011. Biomol-Informatics participates in the "Dorian" consortium, a Collaborative Project financed by the 7FP-EU (ref. FP7-HEALTH-2011-278603) / Biomol-Informatics participa en el consorcio "Dorian" un Collaborative Project financiado por el 7PM-UE (ref. FP7-HEALTH-2011-278603).
    • 2011. Biomol-Informatics coordinates the "DIGEN-1K" consortium (participants: Madrid Science Park, IdiPaz, CSIC) financed by the Spanish Plan Nacional I+D+I 2011 (Ref: IPT-2011-0964-900000) / Biomol-Informatics coordina el consorcio "DIGEN-1K" (participantes: Parque Científico de Madrid, IdiPaz, CSIC) financiado por el Plan Nacional I+D+I 2011 (Ref: IPT-2011-0964-900000).
    • 2012.
      Biomol-Informatics participates in "EpiTRAITS", a FP7 European Network for the study of epigenetic regulation of crop plants. In May-2012, the European FP7-2012 Marie Curie Initial Training Network "EpiTRAITS: Epigenetic regulation of economically important plant traits" reached the first phase of approval for funding (Call: FP7-PEOPLE-2012-ITN).
      Biomol-Informatics participa en "EpiTRAITS", una Red Europea del FP7 para el estudio de la regulación epigenómica en plantas de cultivo. En Mayo-2012, la Red ITN (Initial Training Network) del FP7 "Epitraits: Epigenetic regulation of economically important plant traits" alcanza la primera fase de aprobación para su financiación (Convocatoria: FP7-PEOPLE-2012-ITN).


    BIOINFORMATICS COURSES / CURSOS DE BIOINFORMÁTICA.

    Popular science / Divulgación científica:
    • COMBACT extension: COMBACT conferences for secondary school students / Conferencias COMBACT para estudiantes de secundaria. (Download brochure/ descargar folleto: PDF)
      • IES Benjamin Rua (Móstoles, Madrid). Mar-2008.
      • IES Leon Felipe (Getafe, Madrid). May-2008.
      • IES Los Rosales (Móstoles, Madrid). Nov-2008.
      • IES Los Castillos (Alcorcón, Madrid). Feb-2009.
      • IES Leon Felipe (Getafe, Madrid). May-2009.
      • Colegio Virgen de Europa (Boadilla, Madrid). Feb-2010.
      • Colegio Fuenllana (Alcorcón, Madrid). Feb-2010.
      • IES Francisco Umbral (Ciempozuelos, Madrid). Dic-2010.
      • Colegio Altair (Madrid). Mar-2011.
      • IES Senda Galiana (Torres de la Alameda, Madrid). Mar-2011.
      • IES Leon Felipe (Getafe, Madrid). Jun-2011.
      • IES Los Castillos (Alcorcón, Madrid). Dic-2011.
    Undergraduate / Licenciatura:
     
        2011-2012:
    • Química e Ingeniería de Proteínas. Course 2011-2012. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid.
        2010-2011:
    • Química e Ingeniería de Proteínas. Course 2010-2011. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid.
        2009-2010:
    • Química e Ingeniería de Proteínas. Course 2009-2010. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid.
        2008-2009:
    • Química e Ingeniería de Proteínas. Course 2008-2009. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid.
        2007-2008:
        2006-2007:
        2005-2006:
    Postgraduate, Doctoral and Specialization / Postgrado, Doctorado y Especialización:
     
        2013:
        2012:
        2011:
        2010:
        2009:
        2008:
        2007:
        2006:
        2005:
        2004:
        2003:
        2002:
        2001:



    C/Nicolás Cabrera 1 Campus de la Universidad Autónoma de Madrid.. 28049-Madrid .
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